В русских документах о пожаре в Мангазее нет точного объяснения, как он возник и что было причиной его вызвавшей.

«Волею божею, государь, половина города выгорела дотла, а из остальной половины ползут тараканы в поле. И видно быть и на той половине гневу божию, и долго ль коротко ли и той половине горети, что и от старых людей примечено»

Из приведенного письма Матвея Бахтиярова видно, что пожар возник в кремле.

В.Н.Чернецов собрал интересный этнографический материал у проживавших вблизи городища Мангазеи самодийских племен. Селькупы рассказали ученому, что Манзазею подожгли Тазовские ненцы, доведенные до отчаяния царскими сборщиками ясака и ростовщиками-купцами. Они рассказали Чернецову некоторые детали: во главе восстания ненцев стоял храбрый воин Черемуховое Дерево. Он направил собранные им с большим трудом ненецкие войска к крепостным стенам русского города и в тоже время заслал лазутчиков в город, на ярмарку. Совместными усилиями этих двух групп , в июле 1642 года и был подожжен город.

Вероятно, в сообщении есть доля истины, однако достоверных сведений очень мало. В частности, трудно поверить, что в охраняемый Кремль можно было проникнуть заговорщикам и поджечь его. И совершенно неправдоподобно сообщение о пожаре всего города: сгорела только крепость, посад же остался цел.

Вместе с тем, при изучении документов Сибирского приказа в деле о злоупотреблениях мангазейского дьяка Богдана Обобурова встретилась отписка мангазейских жилецких людей в Москву с перечислением всех злоупотреблений этого человека. Они обвинили Обобурова в том, что он не захотел строить новый гостиный двор, мучил и избивал ни в чем не повинных людей «…и сверх, государь, того в Мангазейском городе тот, государь, Богдан Обобуров тех же людей…службами тяготил, не ведая срока съезду, всяких людей на ярмангу и в выборах волю отнимал и твой, государь, Мангазейский город згорел…»

Из приведенной цитаты следует, что Мангазейцев следует понимать так: Обрубов, оказавшись хозяином города, создал невыносимые условия жизни, конечно не ненцам, которые бывали в городе только наездами, а русским жилецким людям. Отсюда Мангазейцы считали виновником пожара Оборубова.