В июле 1941 года из Ленинграда в Ульяновск на нескольких баржах были доставлены наиболее ценные экспонаты Центрального Военно-Морского музея, среди которых был ботик Петра I – знаменитый «дедушка русского флота».
В то время из Ленинграда вывезли экспонаты многих музеев, и не зря. К примеру, коллекция уникальных лодок, которая находилась в шлюпочном сарае на берегу Большого пруда, была полностью уничтожена. Коллекция включала в себя парусные и гребные лодки «царскосельской флотилии», среди уничтоженных экспонатов были трешкоуты императрицы Екатерины II, турецкий калек Николая I (подарок султана), индейская пирога, китайский сампан, венецианская гондола, алеутская байдарка и другие. Как уже было сказано, вся эта уникальная коллекция, связанная с историей русского флота, погибла во время Великой Отечественной войны.
В Ульяновске все исторические реликвии разместили в здании бывшей кирхи. Решение было обосновано тем, что именно это здание является наиболее безопасным для хранения исторических реликвий. Городское руководство посчитало, что в случае возможных бомбардировок кирха будет последним местом, на которое фашистские летчики сбросят бомбы…

Ценности Военно-Морского музея находились в кирхе до окончания Великой Отечественной войны. В 1946 году все экспонаты, в том числе и ботик Петра I, по железной дороге отправили назад в Ленинград. О том, что в кирхе долгие годы находилось хранилище культурных ценностей, многие ульяновцы даже не знали.